Cuando los científicos sudafricanos anunciaron que detectaron una nueva variante del nuevo coronavirus con un número preocupantemente alto de mutaciones, fueron aplaudidos por la rapidez con que pudieron detectarlo, gracias a la secuenciación genómica.
El país fue elogiado por tener un programa robusto de secuenciación genómica, que le permitió identificar las propiedades potencialmente preocupantes de la variante ahora conocida como ómicron.
Cuando los virus se propagan a través de poblaciones, mutan. La mayoría de las mutaciones no alteran significativamente el comportamiento de un virus, pero algunas pueden ser preocupantes. La secuenciación genómica implica decodificar el material genético de un virus para detectar las mutaciones y determinar qué efecto podrían tener en el virus, por ejemplo, si podrían hacerlo más transmisible o más peligroso en términos de la gravedad de la enfermedad que puede causar.
El proceso se realiza en un laboratorio, por separado de las pruebas de detección de coronavirus. Puede llevar entre unas pocas horas y varias semanas, y cada país tiene un enfoque diferente.
“[La identificación de la variante ómicron] destaca la importancia continua y la necesidad de vigilancia genómica del SARS-CoV-2 y el acceso a muestras relevantes para hacer esto”, dijo Sharon Peacock, profesora de Salud Pública y Microbiología en la Universidad de Cambridge. Agregó que el Ministerio de Salud de Sudáfrica y sus científicos “deben ser aplaudidos por su respuesta, su ciencia y por dar la alarma al mundo”.
Los países que han logrado una secuenciación genómica
En los últimos 30 días, durante los cuales la variante ómicron se convirtió en el centro de atención mundial, menos de un tercio de los países y territorios secuenciaron los casos para identificar cómo ha cambiado el virus con el tiempo, según el análisis de los datos informados a iniciativa global de ciencia GISAID.
Casi un tercio de los 241 países y territorios rastreados por GISAID no han logrado secuenciar más de 100 muestras durante el curso de la pandemia.
En el último mes, cuando la variante ómicron se convirtió en la última variante preocupante, solo una docena de países llevaron a cabo la secuenciación de más del 5% de sus casos de covid-19.
Estos son Dinamarca, Bahrein, Israel, Camboya, Suecia, el Reino Unido, Ghana, Luxemburgo, Senegal, Aruba, Nueva Zelandia y Botswana.
Otros 63 países secuenciaron una pequeña cantidad de casos en el último mes, pero más de otros 100 que lo habían hecho antes en la pandemia no informaron ninguna secuencia en el último mes.
Sin embargo, los números no cuentan toda la historia. Algunos países han podido secuenciar grandes proporciones de sus casos porque sus niveles generales de infección no son demasiado altos. Este fue el caso de Dinamarca, Bahrein e Israel, por ejemplo, que actualmente no están experimentando grandes picos en los casos.
El Reino Unido se destaca como el único país que tiene una gran cantidad de casos y aún puede secuenciar una alta proporción de sus muestras: 13% en el último mes y en promedio durante la pandemia.
Estados Unidos se está quedando atrás con solo un 2,6% de casos secuenciados en los últimos 30 días y un 4% en general, según la base de datos.
Sin embargo, incluso un poco de secuenciación puede ser útil. Sudáfrica, por ejemplo, solo secuenció el 0,3% de sus casos el mes pasado y el 0,8% de los casos en general durante el curso de la pandemia.
Sin embargo, el Ministerio de Salud de ese país y sus científicos enfocaron sus esfuerzos donde importaba. Cuando notaron que los casos de covid-19 comenzaron a crecer a un ritmo mucho más alto en la provincia de Gauteng, en comparación con el resto del país, apuntaron a muestras secuenciadas allí y, al hacerlo, identificaron la nueva variante.
